Duplicate Zapperは、iTunesライブラリもスキャンしますか？

はい、スキャンします。ただし、Duplicate Zapperでファイルを削除してもiTunes Libraryからファイル名が自動で除去されるわけではありません。iTunesを開いて該当ファイル名を手動で削除する必要があります。

iTunesには、ミュージックライブラリから重複ファイルを削除する機能があります。詳細については、ここをクリックしてください。